減少假陽性的概率：單拷貝基因在基因組中通常只有一個拷貝，是物種特異性的“ID"。它能有效減少多拷貝基因家族（如線粒體基因）中同源序列的干擾，有效降低不同物種間PCR交叉擴增的發(fā)生。 當然，即便您的DNA序列是單拷貝的特異性序列，也不能排除PCR交叉擴增的發(fā)生。因為即便有幾個DNA堿基的差異，也還是可能PCR交叉擴增。通常，特異性的引物探針設計需要通過PCR實驗來驗證特異性。即便很多現(xiàn)行動物源性標準中的引物探針也存在交叉PCR擴增反應，需要嚴格控制DNA上樣量和結合其他物種的檢測結果來綜合判斷。當然，也有特異性好的引物探針設計，這個需要用戶通過實驗來驗證。
真實反映含量（定量優(yōu)勢）：線粒體基因由于在不同組織細胞內的含量不一，因此無法有效作為定量檢測的方法。單拷貝基因由于拷貝數與細胞數量呈嚴格的比例關系（1:1），單拷貝基因檢測是進行動物源性成分定量分析的選擇。它能相對客觀反映樣本中某種動物成分的相對含量，而非僅僅是“有"或“無"?？萍既藛T可采用數字PCR的絕對定量方法來進行定量，也可以同一管中qPCR檢測單拷貝的通用動物基因來判斷動物源性的比列。
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